Lange schon wütete der angeblich wegen des Glaubens geführte Krieg bereits im Süden Deutschlands, bevor er in der gesamten Mark und somit auch in Schwedt für grenzenloses Elend sorgte. Eigentlich versuchte sich aber jeder an jedem zu bereichern. Die Bevölkerung mußte in dieser Zeit unsägliches Leid erfahren. Von 1626 bis 1629 sollen die Söldner Wallensteins mehrfach in Schwedt gehaust haben. 1627 brannte die ganze Stadt ein erstes mal und 1628 wütete die Pest. Als der schwedische König Gustav Adolf II. an der Ostseeküste landete um den reformierten Glauben zu unterstützen, und er mit seinem Heer entlang der Oder ins Landesinnere zog, errichtete er im März 1631 nördlich von Schwedt ein verschanztes Lager für ca. 20.000 Söldner. Der König selbst hielt sich abwechselnd in der Burg Vierraden und dem Schloß Schwedt auf. Reste des befestigten Lagers findet man heute noch im Park Heinrichslust, wo ein künstlicher Hügel als Zeitzeuge von den damaligen Ereignissen kündet.
1632 wurde Schwedt abermals ein Opfer der Flammen. 1637 war Schwedt durch den schwedischen Feldherr Wrangel besetzt und stark befestigt worden. Friedensverhandlungen in Vierraden, geführt von Markgraf Sigismund von Hohenzollern mit dem schwedischen Gesandten Steno Biethke, brachten keine Einigung. Daraufhin bestürmten die Brandenburger Truppen die Stadt. Nachdem die Brandenburger die strategisch wichtige Stadt durch eine List eingenommen hatten, wurde Schwedt durch die Truppen des schwedischen Generalfeldmarschall’s Banér belagert und mit Brandkugeln beschossen. Am 19. Oktober 1637 erfolgte der Hauptangriff und Schwedt wurde fast vollständig zerstört. Die brandenburgischen Truppen konnten sich über den Oderdamm in die Neumark zurückziehen. Die Bevölkerung aber mußte die nun wütenden und brandschatzenden Schweden über sich ergehen lassen. Über 3 Jahre war das Leben in der Stadt anschließend fast vollständig erloschen. Im Jahre 1639 wurden 4 Bürger gezählt. 1640 versuchten wieder einige Bewohner hier seßhaft zu werden. Doch hohe Kontributionen belasteten sie zu stark. 1643 lebten nur 26 Bürger mit ihren Angehörigen in der Stadt. Im gleichen Jahr zerstörte eine weitere Feuersbrunst die restlichen Wohnstätten. Zu dieser Zeit waren nur 26 Häuser bewohnbar, 30 baufällig und 160 vollständig zerstört. Im Laufe des 30-jährigen Krieges soll die Stadt 32 mal geplündert worden sein. 1648 wurde dann mit dem Westfälischen Frieden diese grausame Epoche beendet.